Evrim Teorisi'nin sahibi Darwin'e sansür ile gündeme gelen TÜBİTAK Dergisi de artık "Yandaş" oldu. Bugün Darwin kapağı sansürlenen Dergi, beş yıl önce siyah kapakla çıkmış ve 'İktidarı protesto ediyor' yorumları yapılmıştı.

Uzun süredir kadrolaşma tartışmalarının odağında olan TÜBİTAK, siyasetçilerin ilgi odağı oldu.  TÜBİTAK ile en yakından ilgilenen politikacı ise Erdal İnönü oldu. İnönü, 1993’te Başbakan yardımcısıyken, kurumun siyasetin dışında kalması için radikal önlemler aldı.

AKP iktidarı ise, 2003 yılında  TÜBİTAK kanununa bir Geçici Madde ekleyerek Bilim Kurulu üyeliklerine, “Bir defaya mahsus olmak üzere Başbakan tarafından atama yapılacağı” ve ‘’Başkanın da Başbakanın teklifi ile atanacağı” kuralını getirdi. Ancak, bu değişiklik; dönemin Cumhurbaşkanı Sezer tarafından veto edildi ve Anayasa Mahkemesi tarafından iptal edildi.

Bu düzenlemeler akademik dünyayı ayağa kaldırırken, TÜBİTAK'ın Bilim ve Teknik Dergisi, 2004 yılının Ocak sayısında kapak konusu olarak Işıksız Evren’i işledi ve siyah bir kapakla çıktı. Bu kapak bazı akademik çevreler tarafından, “TÜBİTAK, AKP'yi protesto ediyor” yorumuna yol açtı. “Işıksız Evren” konulu başyazıda da “Kapağımıza rengini veren karanlık çok ürkütücü, kozmik boyutlarda. Öyle ki, tüm korkuları gölgede bırakıyor...” ifadeleri yer aldı.

Yasanın Anayasa Mahkemesi’nden dönmesine rağmen iktidar TÜBİTAK’ın yapısını 31 Temmuz 2008’de yine değiştirdi. TÜBİTAK Bilim Kurulu’nun üye sayısı başkanla birlikte, 12’den, 15’e çıkarıldı. Bilim Kurulu’nun 8 üyesinin seçimi de Başbakan’a bırakıldı.

Muhalefet bu yasaya da, özerk olan kurumun siyasal baskılara açık hale getireceği, bunun da bilimsel çalışmaya sekte vuracağı gerekçesiyle karşı çıktı. Buna rağmen, yasanın mimarları arasındaki Prof. Dr. Nüket Yetiş, 13 Ağustos 2008’de TUBİTAK Başkanlığına atandı.